Genel müdürlüğün, taşınmazlara yapılan kaçak inşaat ve fiziki müdahaleyi koruma kurullarına bildirmediği gibi imar affı için Çevre ve Şehircilik Bakanlığı’na müracaat ettiği de tespit edildi. Raporda, genel müdürlüğün görevinin yapılan değişiklikleri Koruma bölge kurulu müdürlüklerine bildirerek sorumlu kişilerin cezalandırılması ve yapıların eski haline dönüştürülmesini sağlamak olduğu kaydedildi.
Sayıştay raporunda, Vakıflar Genel Müdürlüğü’nün yönetimindeki bazı vakıflara ait konutların lojman olarak personele tahsis edildiği belirlendi.
